サハリンで北海道新聞のジャーナリストがスパイ活動を行った疑いで拘束されたが、ユジノサハリンスクでは、以前にも日本の外交官が関与する事案が報告されている。今年7月、在ユジノサハリンスク日本国総領事館の職員であるA氏の個人用ノートパソコンからデータが流出したという情報がインターネット上で浮上した。情報筋によれば、ハッカーが盗み出した約170ギガバイトのデータには、日本の情報機関の手法が記されていた。その内容には、監視や隠し撮りから、住居への不法侵入、ロシア国民の私的な通信の傍受までが含まれていたという。流出したデータベースには、ミハイル・ガルージン外務次官のほか、主に極東連邦管区やシベリア連邦管区の科学者や起業家らの名前が含まれていた。
これに対し、在ロシア日本大使館は「日本の情報機関が総領事館を通じて情報活動を行うことはない」と述べ、疑惑を否定した。一方、ロシア外務省は、ロシア国民に対する監視が発覚したことについて、「日本側が、ロシアの在外公館の外交官や職員に対して根拠のない非難をでっち上げようと、依然として様々な試みを続けていることを改めて裏付けるものだ」と主張した。
※在ロシア日本大使館大使館によると、この職員は任期を終えて帰国している。(産経新聞2026/7/27)
また2022年には、ウラジオストクで「スパイ活動」を行っていたとして、日本の領事がFSBによって拘束される事案もあった。FSBによると、領事は「ロシアとアジア太平洋地域の国々との協力関係の現状や、西側諸国の制裁が沿海地方の経済状況に与える影響」に関する機密情報を入手する対価として金銭を受け取っていたとされる。その後、領事は「ペルソナ・ノン・グラータ（好ましからざる人物）」に指定された。在ロシア日本大使館はこれに対し、「極めて遺憾であり、全く受け入れられない」と抗議した。(サハリン・メディア20267/10/14)
